Comment 1 for bug 217210

問題が起きているとき：
$ xprop -root | grep XKB
_XKB_RULES_NAMES_BACKUP(STRING) = "xorg", "jp106", "jp,jp", "latin,",
"grp:alt_shift_toggle,grp_led:scroll"
_XKB_RULES_NAMES(STRING) = "xorg", "jp106", "jp,jp", "latin,",
"grp:alt_shift_toggle,grp_led:scroll"

$ gconftool-2 -R /desktop/gnome/peripherals/keyboard/kbd
 layouts = []
 model =
 options = [grp grp:alt_shift_toggle,grp_led grp_led:scroll,ctrl ctrl:nocaps]
 overrideSettings = true

latinをはずしたとき：
$ xprop -root | grep XKB
_XKB_RULES_NAMES_BACKUP(STRING) = "xorg", "jp106", "jp,jp", "",
"grp:alt_shift_toggle,grp_led:scroll"
_XKB_RULES_NAMES(STRING) = "xorg", "jp106", "jp,jp", ",",
"grp:alt_shift_toggle,grp_led:scroll,ctrl:nocaps"

$ gconftool-2 -R /desktop/gnome/peripherals/keyboard/kbd
 layouts = []
 model =
 options = [grp grp:alt_shift_toggle,grp_led grp_led:scroll,ctrl ctrl:nocaps]
 overrideSettings = true

7.10ではlatin付きでも問題ありません：
$ xprop -root | grep XKB
_XKB_RULES_NAMES_BACKUP(STRING) = "xorg", "jp106", "jp,jp", "latin,",
"grp:alt_shift_toggle,grp_led:scroll"
_XKB_RULES_NAMES(STRING) = "xorg", "jp106", "jp,jp", "latin,",
"grp:alt_shift_toggle,grp_led:scroll,ctrl:nocaps"

$ gconftool-2 -R /desktop/gnome/peripherals/keyboard/kbd
 layouts = []
 model =
 options = [grp grp:alt_shift_toggle,grp_led grp_led:scroll,ctrl ctrl:nocaps]
 overrideSettings = true

"ctrl:nocaps"はシステム＞設定＞キーボードの、"Make CapsLock an additional Ctrl"によって設定されたものと思われます。Hardyのlatin付きで、xpropにその設定が反映されてないということは、GNOMEよりもXのキーボード設定が優先されるようになった？